Чудотворная икона Божьей Матери «Неопалимая купина». Этот святой образ Богоматери принес в храм ученый-историк, автор книги «Православие в Калмыкии» Иван Борисенко. Икона написана на рубеже 18-19 веков.

Так как лики Богоматери и Младенца потемнели от времени и совершенно не просматривались, а риза была вся сломана, икону поместили не в саму церковь, а в один из приделов. Осенью 1994 года икона неожиданно «заговорила». Звук был тихий и походил на легкие удары в деревянное било. В храме в это время присутствовало несколько человек: иеромонах Флавиан (Данильченко), монахиня Олимпиада (Батищева), Анна Михайловна Демидович, Антонина Васильевна Яковенко. Они стали первыми свидетелями чуда. По благословению настоятеля святой образ перенесли на аналой в центральную часть храма.

6 декабря 1994 года, накануне праздника в честь святой великомученицы Екатерины, звуки, исходящие от иконы, услышали все присутствовавшие на вечернем богослужении. Такое небывалое явление многие верующие восприняли как предупреждение Богородицы о грозящей беде. Некоторые говорили, что будет война. Через 25 дней после этого, 31 декабря 1994, федеральные войска вошли в город Грозный. С этого момента множество жителей Калмыкии, не только православных, но и иноверцев, приходили к чудотворной иконе и просили Богородицу сохранить сыновей, внуков, отцов и братьев, воевавших в Чечне. Матерь Божия помогала. Множество людей, молившихся у чудотворного образа, получали от Бога просимое. Об этом свидетельствуют сотни золотых и серебряных украшений, которые почти ежедневно приносят к иконе. Верующие люди отдают их в знак благодарности Божией Матери, как посильную жертву. По благословению архиерея из этих золотых и серебряных драгоценностей будет изготовлен Потир — чаша для Причастия. Лики Богородицы и Младенца на иконе чудесным образом, без участия реставраторов, обновились.

Икона Явление Иисуса Христа молящимся. 11 сентября 1946 года в Кресто-воздвиженском храме произошло явление Господа Иисуса Христа. В тот день после литургии совершался молебен. Священник и прихожане читали акафист святому пророку и предтече Господню Иоанну. Во время молитвы в ярком потоке света верующие увидели Господа Иисуса Христа. Он был одет в одежду священника, в епитрахили и поручах. В память об этом событии в том же году была написана икона «Явление Иисуса Христа молящимся».

Икона святого великомученика Пантелеимона. Почитание этого образа началось с чудесного события, которое произошло весной 2004 года. 16 мая у иконы святого великомученика Пантелеимона сама собой зажглась лампада. Огонь был необычный для лампады, белый, с синеватым оттенком и очень яркий. Весь храм наполнился светом, так что монахи, которые только что закрыли церковь после вечернего правила, испугались, думая, что оставили включенным освещение. Войдя, все убедились: люстры не горят, а у иконы великомученика сияет лампада, озаряя все вокруг. С этого времени святой велико-мученик Пантелеимон явил для верующих Элисты множество чудес. По благословению архиерея каждую субботу в Крестовоздвиженской церкви Элисты читается акафист святому великомученику Пантелеимону и совершается помазание освященным елеем.

22 апреля в Крестовоздвиженскую церковь Элисты по благословению епископа Элистинского и Калмыцкого Зиновия прибыли новые иконы.
Образы Пресвятой Богородицы Всецарицы, Феодоровской Божией Матери, св. благоверного князя Владимира, св. великомученицы Екатерины, св. преподобной Марии Египетской, свв. Петра и Февронии и другие украсили элистинский храм, который, как отметил владыка Зиновий, в советские годы был центром притяжения для всех ищущих Света и Истины.
При этом из Крестовоздвиженской церкви были убраны черно-белые фотокопии икон, изготовленные в середине прошлого века.