Здание построено в 1879 году, в нем располагалась церковно-приходская школа, действовавшая при храме в честь святителя и чудотворца Николая (сгоревшего в 70-х годах XIX века), а затем при Крестовоздвиженском храме Элисты.

После разрушения Крестовоздвиженского храма, в 40-х годах ХХ века, здание воскресной школы было переоборудовано в церковь, возобновлены богослужения. Крышу увенчали куполом, возвели иконостас. Иконы принесли верующие, которым удалось спасти святыни от поругания. До настоящего времени сохранилась и церковная утварь.

С 1985 года настоятелем храма был иерей Владимир Остапенко, впоследствии принявший монашеский постриг с именем Зосима. В 1991 году епископом Ставропольским и Бакинским создано Благочиние православных приходов Калмыкии, его возглавил игумен Зосима. В 1995 году Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II принял решение о создании на территории республики Элистинской и Калмыцкой епархии.

В 1996 году построен Казанский кафедральный собор, по благословению Патриарха ставший правопреемником Крестовоздвиженской церкви.